Ok. No sé qué puede haber pasado para que esas carpetas no existan, que se supone que se crean en el momento de crear el proyecto, tal vez sea un proyecto creado en una versión antigua o un duende de la informática, pero bueno, a grandes males grandes remedios:

He cambiado la "responsabilidad" de crear la estructura de carpetas de cada proyecto al momento de abrirlo y no al momento de crearlo. Es decir, que abres un proyecto, creado con la versión de soprano que sea, y se comprueba la existencia de todas las carpetas del proyecto creando las que no existan. Con eso debería ser suficiente para que no sufras más ese error.

Actualizado al gitlab está. Versión 2.1.8

Pido perdón por los trastornos causados.

Saludos