Pc real: Linux
Pc virtual: Windows Xp.

(Eso de pc real y virtual se dice de otra forma), El host y la máquina invitada o algo así.

Activo el portapales compartido (usando la opción bidireccional) y arrastre en los menús ( igual, bidireccional) de la máquina virtual, del menú dispositivos.
Desde el explorador de Windows arrastro al explorador de Linux el directorio que contiene los archivos de Pérez Galdós.



Esto seguramente se podrá hacer de alguna forma desde Linux directamente.
Partiendo del zip incluso donde se encuentran los libros, o con un solo archivo.

Lo cierto es que el comando unzip incorpora la opción
 

Cita: 
 -O CHARSET  specify a character encoding for DOS, Windows and OS/2 archives
  -I CHARSET  specify a character encoding for UNIX and other archives

Y además:
-U  use escapes for all non-ASCII Unicode 
-UU ignore any Unicode fields

Suelo encontrarme la resolución del problema con más facilidad con los archivos de texto. Eso incluso se puede abrir con un editor como SublimeText y convertirlo.
Como nota curiosa los archivos de Python ( que no es más que un archivo de texto) "solían" llevar en su parte superior, si era UTF-8 u otro. Entonces si no usabas
la instrucción adecuada para esto y su codificación de página, no se podía usar las tildes y la eñe. Pero parece que los editores modernos se lo saltan de alguna forma.
Eso no quiere decir que luego en otro editor de programación pueda ocurrir el problema.

Cosas de la codificación de los caracteres.

Saludos