De todas formas eso, a mi humilde opinión, es un fallo de concepto: una aplicación hecha para ejecutarse en el IDE debe ceñirse a las limitaciones del ide. Lo correcto (a falta de más información sobre el problema, téngase en cuenta) sería una aplicación con un timer que lanzase la ejecución de un fork (si es posible) o de otra aplicación cada x milisegundos... o que grabase un archivo de log cada periodo de tiempo con los parámetros que quieres controlar basándose también en un Timer.

Saludos