Con Linux Mint 21 Vanessa sí se abre y cierra del modo esperado F5, click en cerrar o alt+F4 y F5 again.

Puede ser perfectamente cosa del escritorio, o del tema del escritorio que utilice librerías gtk en un entorno qt5, o que al cerrar tu programa puede que no retorne el foco al IDE... o vaya usted a saber. Con las cebollas de software que componen linux nunca se está seguro de qué capa puede ser distinta.

[System]
Gambas=3.17.3
OperatingSystem=Linux
Kernel=5.15.0-53-generic
Architecture=x86_64
Distribution=Linux Mint 21 Vanessa
Desktop=CINNAMON
Font=Ubuntu,10
Scale=7
Theme=mint-y-dark
Language=es_ES.UTF-8
Memory=15827M

[Libraries]
Cairo=libcairo.so.2.11600.0
Curl=libcurl.so.4.7.0
DBus=libdbus-1.so.3.19.13
GDK2=libgdk-x11-2.0.so.0.2400.33
GDK3=libgdk-3.so.0.2404.29
GStreamer=libgstreamer-1.0.so.0.2003.0
GTK+2=libgtk-x11-2.0.so.0.2400.33
GTK+3=libgtk-3.so.0.2404.29
OpenGL=libGL.so.1.7.0
Poppler=libpoppler.so.118.0.0
QT5=libQt5Core.so.5.15.3
SDL=libSDL-1.2.so.0.11.4
SQLite=libsqlite3.so.0.8.6

[Environment]
CINNAMON_VERSION=5.4.12
DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=unix:path=/run/user/1000/bus
DESKTOP_SESSION=cinnamon
DISPLAY=:0
EDITOR=xed
GB_GUI=gb.gtk3
GDMSESSION=cinnamon
GDM_LANG=es_ES
GIO_LAUNCHED_DESKTOP_FILE=<home>/.local/share/applications/Gambas.desktop
GIO_LAUNCHED_DESKTOP_FILE_PID=48678
GJS_DEBUG_OUTPUT=stderr
GJS_DEBUG_TOPICS=JS ERROR;JS LOG
GNOME_DESKTOP_SESSION_ID=this-is-deprecated
GPG_AGENT_INFO=/run/user/1000/gnupg/S.gpg-agent:0:1
GTK3_MODULES=xapp-gtk3-module
GTK_MODULES=gail:atk-bridge
GTK_OVERLAY_SCROLLING=1
HOME=<home>
LANG=es_ES.UTF-8
LANGUAGE=es_ES.UTF-8
LC_ALL=es_ES.UTF-8
LOGNAME=<user>
PATH=<home>/.local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
PWD=<home>
QT_ACCESSIBILITY=1
QT_LOGGING_RULES=*.debug=false
QT_QPA_PLATFORMTHEME=qt5ct
SESSION_MANAGER=local/<hostname>/tmp/.ICE-unix/1098,unix/<hostname>:/tmp/.ICE-unix/1098
SHELL=/bin/bash
SHLVL=0
SSH_AUTH_SOCK=/run/user/1000/keyring/ssh
TZ=:/etc/localtime
USER=<user>
XAUTHORITY=<home>/.Xauthority
XDG_CONFIG_DIRS=/etc/xdg/xdg-cinnamon:/etc/xdg
XDG_CURRENT_DESKTOP=X-Cinnamon
XDG_DATA_DIRS=/usr/share/cinnamon:/usr/share/gnome:<home>/.local/share/flatpak/exports/share:/var/lib/flatpak/exports/share:/usr/local/share:/usr/share
XDG_GREETER_DATA_DIR=/var/lib/lightdm-data/<user>
XDG_RUNTIME_DIR=/run/user/1000
XDG_SEAT=seat0
XDG_SEAT_PATH=/org/freedesktop/DisplayManager/Seat0
XDG_SESSION_CLASS=user
XDG_SESSION_DESKTOP=cinnamon
XDG_SESSION_ID=c1
XDG_SESSION_PATH=/org/freedesktop/DisplayManager/Session0
XDG_SESSION_TYPE=x11
XDG_VTNR=7

Saludos

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El foro cambia la arroba @ por una cara cabreada en al línea SESSION_MANAGER=... etc.
Por un momento creí que era una medida de seguridad para no revelar datos indiscretos de la configuración... pero no, sólo la casualidad.