La solución se encuentra en otro menú.
Se debe activar eliminar espacios sobrantes al final de la línea.



Pero eso no elimina en el momento los puntos. Se debe seleccionar el código, supongamos todo el código fuente
que estamos viendo. Ctrl+A y luego Formateamos el código. Ctrl+Shift+F y es cuando veremos que los puntos desaparecerán.

Saludos