Buenas!.
Ademas de tener cuidado con la home del usuario (normalmente una copia de esta, normalmente una partición dedicada  a este /home)
Cuando actualizamos el sistema nos gusta "recuperar" las aplicaciones que teníamos en la distro anterior, antes de actualizar.
En Linux Mint tenemos la utilidad copia de seguridad. Esta nos salva la home y ademas la segunda opción es crear una lista de aplicaciones.
Supongamos que son todas. Al decirle que lo haga y que continue nos guarda normalmente en la carpeta doc y nos crea un directorio
copias de seguridad y allí está el archivo que contiene la lista de aplicaciones.
Os muestro un trozo de ejemplo:
Y el contenido del archivo es algo como este. Cada nombre del archivo tiene su fecha, claro.
 
Cita: 
acetoneiso    install
apt-file    install
apt-rdepends    install
audacity    install
build-essential    install
byobu    install
cmake    install
code    install
convmv    install
dconf-editor    install
dia    install
dia-shapes    install
.........
Esa son las que has instalado o bien desde synaptic o con gdebi ( todo en el caso de que uses Linux Mint o una Debian ).
A pesar de la lista, cuando vamos a crearla nos dice abajo:
Ahora vamos a recuperar las aplicaciones instaladas una vez hemos actualizado.
Y ahora pregunto:
Supongamos que hemos necesitado instalar el compilador de C++ y era la versión 9.
Pero la distro tiene la versión 10. ¿  "Puedo suponer y que hará", que la distro instale la versión 10 si no tuvieses la 9 ?
¿ Es "casi" suficiente esta forma de recuperar las aplicaciones instaladas ?.
Siempre puede haber otras que la hayamos bajado de un ppa.
Al cabo del tiempo son muchas las aplicaciones.
Saludos