No veo dónde está el problema. Puedes instalar un servidor VNC en windows (es un procedimiento sencillo, hasta el mas torpe lo puede hacer) y luego conectarte a él desde Linux. Con eso eliminas, al menos teóricamente, la propagación de un supuesto virus o troyano.

Aunque mi preferencia siempre ha sido Anydesk, que ni siquiera necesita instalación ni abrir puertos en el router y hay una versión gratuita que permite prácticamente hacer cualquier cosa..

https://anydesk.com/es

Multiplataforma y realmente funciona desde un navegador integrado. Echa un vistazo, te va a gustar.

Saludos