Efectivamente así es como debe ponerse. Que raro que con solo env GB_GUI=qt5 y luego debajo gambas3 no funcione.

No es raro. Cuando llamas a gambas3 en realidad estás llamando a un script (compilado de gambas) que llama a su vez a un ejecutable que interpreta tu código línea a línea. Estos script y programas utilizan directamente las variables de entorno del sistema, como GB_GUI.
El caso es que cada retorno de línea en un shellscript, llama a la shell especificada en la primera línea del script (#!/bin/bash en este caso) o a la por defecto del entorno, y le pasa los parámetros y el comando. Si no estableces el cambio en la misma instrucción, el cambio "se pierde" después de ese retorno de carro.

Se podría establecer la variable en el script de manera definitiva así:

env GB_GUI=qt5
Export GB_GUI
gambas3

o incluir las dos primeras líneas en alguno de los ficheros de configuración del inicio de sesión como el ~/.profile o sus equivalentes.

Sin embargo con eso "atas" al IDE a qt5 y tendrías que estar con GB_GUI=gtk3 gambas3 cada vez que quisieses probar gtk... lo que te lleva al principio del problema otra vez.
Yo lo prefiero así. Tengo mi script como acceso directo de la barra de tareas porque qt5 es mi preferencia inicial y dejo que el escritorio elija según el tema o establezco GTK cuando me interesa, con el acceso directo que crea gambas en el menú de inicio.

Saludos

Sin embargo con eso "atas" al IDE a qt5 y tendrías que estar con GB_GUI=gtk3 gambas3 cada vez que quisieses probar gtk... lo que te lleva al principio del problema otra vez.
Yo lo prefiero así. Tengo mi script como acceso directo de la barra de tareas porque qt5 es mi preferencia inicial y dejo que el escritorio elija según el tema o establezco GTK cuando me interesa, con el acceso directo que crea gambas en el menú de inicio.

Siempre tienes la opción de añadir Gambas al panel y decidir cual quieres usar y de esa forma no lo atas.
El inconveniente que veo,es que no nos vamos a enterar usando esta forma si se han solucionado problemas de activación del perfilado
usando gtk3. Si es solo un problema de Gambas, lo solucionarán con una nueva versión. Otra cosa es que sea un problema de QT o de GTk3.

¿ Alguien habrá actualizado la librería Qt sin crearle problemas ?. ( Ademas es un rollo, tienes que estar registrado si o si )
Para curarte en salud en ese caso, mejor actualizar la distro entera.

Andan por la QT6. Aunque no la vemos todavía

Saludos