Yo uso Hugo, Pandoc y LaTeX y me pasaba lo mismo, hasta donde investigue tanto Shell como Exec tienen algún rollo con las tuberias (pipes) para concatenar las opciones de programas, al principio pensé que era un problema de tiempos de espera, entonces fui por el lado de manejar todo con procesos y tampoco, la única solución (que es la que uso) es mandar todo por un TerminalView, al que sí le adjudico un proceso bash.
Código:
Dim compilar As String
compilar = "latexmk -l -f --interaction=nonstopmode -pdflatex=lualatex -pdflua " & newFile & "\n"
' Envía el comando al terminal
FMain.TerminalView1.Input(compilar)
A su vez latexmk es un script en Perl que tiene una configuración local.
En el inicio de FMain y en el evento Open del FMain
Código:
Public $Bash As Process
$Bash = TerminalView1.Shell("/usr/bin/bash")
Por otro lado, Jekyll te va a mostrar por consola la salida cuando hagas el deploy en local.
Saludos